上海私人品茶工作室7月12日，被免职的李烈钧在孙中山指示下，从上海回到江西，在湖口召集旧部成立讨袁军总司令部，正式宣布江西独立，并发表电告讨袁。7月15日，黄兴抵达南京，组织讨袁，宣布江苏独立。推举江苏都督程德全为南军司令，但程弃职，逃遁上海。随后安徽柏文蔚、上海陈其美、湖南谭延闿、福建许崇智和孙道仁、四川熊克武亦宣布独立。浙江朱瑞、云南蔡锷中立。7月18日，陈炯明响应孙中山号召宣布广东独立。

7月22日，江苏讨袁军在徐州地区与冯国璋北洋第二军和张勋武卫前军会战失利，退南京。7月22日至28日，上海讨袁军屡攻江南制造局未克。指挥部被上海租界当局解散。7月28日，黄兴看到大局无望，遂离宁出走，讨袁军全局动摇。8月11日，何海鸣率南京第八师部分下级军官及士兵重新举旗讨袁，宣布恢复独立，2000多名士兵们与北洋军展开血战。

上海私人品茶工作室8月13日，拥袁桂军龙济光部攻占广州。8月18日，北洋军李纯部攻克南昌。9月1日，张勋武卫前军攻克南京，各地宣布取消独立。孙中山、黄兴、陈其美等被通缉，相继逃亡日本，二次革命宣告失败。